1999年9月“三检合一”以来，在福建检验检疫局和莆田市委、市政府领导下，莆田检验检疫局始终高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，坚持以科学发展观为指导，不断解放思想，锐意进取，牢牢抓住国家发展的战略机遇期，紧紧围绕建设“法治质检、科技质检、和谐质检”的要求，为实现“争创五个一流（队伍建设、质量监管、综合管理、业务创新、服务水平），打造口岸强局”的目标，大力弘扬“人一之、我十之”精神，团结拼搏，开拓进取，实现了莆田检验检疫事业的跨越式发展。
近年来，莆田外向型经济发展迅速，口岸进出口总额由2000年的7.50亿美元增至2010年的35.65亿美元，增长4.75倍。莆田检验检疫局牢牢抓住这一发展的大好时机，力促各项工作迈上新台阶。全局在职人数由1999年的51人增加到2011年的90人。研究生以上学历人员所占比例由1999年的1％增长到2011年的13％。
科技成果实现了重大突破。全局科研项目和科技成果从1999年的几乎空白，发展到现在，先后组织完成国家质检总局、福建检验检疫局及地方科技部门科研项目31项，承担32项标准制订任务，自主研发10多台检测设备，8台试验设备已获国家专利。
检验检疫行政执法技术保障实力不断增强。莆田检验检疫局实验室建设近年来走出了一条“专、特、精、新”的集约化发展道路。目前，莆田检验检疫局实验室建设具有较高的规模和水平，牵头闽中南片区分中心实验室；先后投资4000多万元建有国家鞋类检测中心、检验检疫技术中心、林木检疫实验室和HIV初筛实验室；已开验50个产品520个检测项目，检测能力涵盖鞋类、鞋材、木材、煤炭、化矿、农食产品、包装物和动植物及其产品；能独立完成出入境人员健康体检的全部内容；与国外第三方检测机构Tuuml;V 南德意志集团建立合作交流平台，共同研发检测项目、共同交流检测信息、共同开拓检测市场，成功开验欧盟新要求的100多项检测项目，覆盖欧美发达国家设限有毒有害物质的检测能力，鞋类产品检测能力一直保持全国领先水平，达到国际先进水平。
多年来，莆田检验检疫局坚持用先进的文化管理和引领队伍，在全局铸就了“团结奋进、开拓创新、求真务实、无私奉献”莆田国检精神，打造出一支特别能吃苦、特别能战斗、特别能忍耐、特别能团结、特别能奉献的国检队伍。
几分耕耘，几多收获。“三检合一”以来，先后荣膺21个省部级荣誉称号。包括全国创建文明行业工作先进单位、全国检验检疫系统先进集体、全国质量监督检验检疫系统先进集体、全国质检“四五”普法工作先进单位、全国青年文明号、全国质检系统人事档案一级达标单位、全国质检系统先进信息直报点、全国质检先进集体、全国质检系统“五五”普法先进单位、2010年度全国质检系统政务信息工作先进单位、全国检验检疫文明服务窗口、全国巾帼文明示范岗等14个“国字号”荣誉。
昨日的辉煌，今日的起点。在这机遇与挑战并存的大时代，莆田检验检疫局以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观为统领，以服务地方经济发展方式转变为中心，积极促进莆田开放型经济平稳较快发展，努力实现莆田检验检疫事业的新跨越。在福建检验检疫局和莆田市委、市政府的正确领导下，莆田检验检疫局必将迎来更加辉煌灿烂的明天。