在日本的华侨社区或住宅群落中，至今保留着供奉妈祖为“保护神”的信仰与习俗，其香火十分旺盛与悠久。根据近三十年日本学者界的调查及著作中得知，妈祖进入日本本土的信仰最初由航舶（或称唐船）带入，其传播线路大致为先在九州地方的五岛、平户、长崎乃南部萨南片蒲“落户”，后随海岸线向东北方向发展，传到日本东部的水户、茨城的矾原一带，后则到达最北端的青森县。据史载，仅明清时期，日本列岛的华侨所建妈祖庙宇就达一百多座。
（1）妈祖信仰东渡日本的跳板：琉球
《使琉球录》引陈侃《天妃灵应记》中记载：“飞航万里，风涛巨测；玺书郑重，一行数百人之生，厥系匪轻。爱顺与情，用闽人故事，祷于天妃之神。”凡前往琉球国的船只，必祭拜海神。而明代的心腹大患是“北虏南倭”，胡惟庸东通日本高丽，西通卜宠吉儿，南通三佛齐，北通沙漠，东西南北诸夷。因此朱元璋对日本本土采取断交政策，因此终明一代，官方仅着重对日本南部琉球的频繁来往，因那时琉球尚不属于日本。琉球地区有那霸下天妃宫和姑米岛天后宫，而“天后”的封号是清康熙中期赐敕的，因此可以推出姑米岛的天后宫是较为晚期创建的。
根据日本籍教授李献璋调查的资料说：“明太祖新王朝成立时，作为招抚外蕃的环，于洪武五年就派遣了旅行者杨载到琉球告谕。当时，琉球是中山、山南、山北三国鼎立。杨载会见了中山王。同年12月，中山王察度派王弟为使者入贡明朝。此后，中山王连年派出进贡船只，而且，山南王从洪武13年左右起，山北王从洪武16年左右起，也都派出进贡船只。”又说：当时琉球的造船业落后，横渡海面顶风破浪有困难。并由明廷赐给海舟，如洪武18年春赐中山王察度，山南王承度海舟各一。还拔给在大海中有经验的篙师、舵工以及滨管外交文书和通事人员，并且这些人要定居下来，洪武年间初去琉球的36姓，有百余人定居，后由于通商的结果人数多了，在永乐年间已发展至百余家，因恐海盗劫夺并筑了土城以自卫名叫“唐营”。《海东诸国记》标明唐营的位置是在那波的西北隅“九里面”的滨海港口，这个港口是“津口、江南、南日本商舟所泊之处”。足见由于华人去琉球促进了琉球海外贸易的发展。据《琉球国由来记》卷九和《唐荣汨记全集》中记载说“自贡船开航之日起至第七日为止，自大夫至年轻秀才，都须参拜两天后宫，烧香并念经hellip;hellip;”。并说：“自第七日至贡船回归本国内止，每日大夫以下年轻秀士及乡官士们轮流诣庙参拜”。上列情况说明必定要创建天妃宫，籍资通商，纳贡的需要。
（2）妈祖信仰在日本传播及融合
中国地大物博，人口繁多，海上交通发达，特别是宋元时期的海上商业往来，为妈祖信仰传播到日本等国家提供了重要的基础。海水所到之处，就有妈祖信仰的存在。中国商人很早就将脚步抵达日本，在航海中为了寻找精神上的寄托，也把祖国家乡的信仰一同携带到各国。日本长崎市内建立三大唐寺——南京寺、漳州寺和福州寺。日本长崎的妈祖堂的最大特点是由商人“商会”先建妈祖堂，然后把它拓建为佛祖和妈祖合祀的寺庙，把妈祖奉祀在寺庙中。而其目的在于祈求生意兴隆、海上平安。后来日本商船上也安放了中国妈祖的神龛，作为海上航行的护船神。妈祖信仰在东南亚诸国和日本的华侨、华人社区中十分有影响与流行。历史上，妈祖信仰在侨居国曾对华侨、华人社区，产生过不可忽视的凝聚力作用。
妈祖信仰以琉球为跳板，很早就传入日本，并与日本民间的稻神社融合。稻神社是奉祀稻神的，而稻神社中就有供奉妈祖神的牌位。自古以来，日本的稻谷是从福建以海舶运去而传入的，因此民间很重视“谷神”。而运稻谷的船舶是以妈祖为航运的保护神，因而妈祖也成为日本稻谷的保护神了。在日本当地的姊妹神信仰，关于祂的传说与事迹与妈祖的大相径庭。伊波普犹《姊妹神之岛》大意说：“妹妹在梦中大叫进行挣扎，旁边的妈妈抓住女儿的一只手，把她叫醒，妹妹说：“很遗憾，父兄在海上遇难了，我把兄救上来了，正在救父亲，但手不能动弹了,没救上来。”过些时候，到中国去的兄回来了，说父在海上遇难死了，与妹妹的梦中所见一样。事后，妹妹没有出嫁，也不见外人，后来让妹夫看见 ，她移店山洞内，后来被祀为后日神。这故事与妈祖“伏机救亲”如出一辙，并与妈祖同成为当地的海神。
中国和日本的文化，特别是海上交通的关系，源远流长，彼此的联系对两国的文化有着重要的影响。妈祖作为海上族群的精神寄托和保护神，其传播和发展具有海上交通历史发展的渊源，是海上交通文化发展的必然现象。 (周丽妃)