1991年3月21日，台湾嘉义县圣恩宫进香团一行327人，乘客轮绕道日本航抵湄洲岛，这是台胎首次乘客轮来湄洲岛朝拜妈祖。
1997年1月24日至5月5日，湄洲妈祖金身巡游台湾19个县市，驻跸35个妈祖宫庙，行程数千公里，被海内外称为“千年第一回”的跨世纪之行。湄洲妈祖金身，受到台湾上千万信众的顶礼膜拜。十里长街迎妈祖，火树银花不夜天。湄洲妈祖金身巡台照片，还被列入台湾中学历史教科书，全岛掀起了妈祖热。湄洲妈祖巡台乃“和平之旅”、“亲情之旅”。台湾传媒惊呼，湄洲妈祖台湾之旅乃世界之最。2002年5月8日，应金门天后宫妈祖会的邀请，湄洲妈祖金身乘金门“大武”号轮从湄洲岛直航金门，第一次以海上直航金门巡安，到大小金门6个乡镇的11个妈祖宫庙，五日，3万多人次争相迎拜，八旱渴雨的岛上普降大雨，金门民众称是妈祖娘娘带来了甘露。轰动海峡两岸。2004年5月，湄洲祖庙祭典团直航马祖岛，参加马祖天后宫重修落成典礼，岛上民众目睹壮观场面，激动地说，这是有史以来最热闹的节日。每年农历三日，财团法人大甲镇澜宫场举办的规模宏大、热闹庄严的“大甲妈祖绕境进香”活动8天7夜，全境300多公里，往返76家寺、庙、宫、坛。2006年莆田湄洲妈祖祖庙，贤良港天祖祠和文峰天后宫联合组团赴台参加，共同纪念妈祖诞辰1046年周年。
2001年1月2日，507名马祖民众以赴湄洲朝拜妈祖为由，乘坐“台马轮”从马祖澳港到福州马尾港后，转赴湄洲岛谒祖进香，此举成“两马”间首次直航。
2005年4月19日，金门各界代表380多人乘坐“东方之星”客轮直航湄洲岛谒祖进香，恭请湄洲妈祖庙董事会赠送的妈祖石雕像到金门妈祖公园安座。同时，双方就进一步加强两地妈祖文化交流、经贸合作签署了合作意向书。
2006年9月26日-28日，由台湾岛内4300多名信众组成台湾妈祖联谊会暨大甲镇澜宫湄洲谒祖进香团，经由“两门”航钱赴湄洲岛朝圣，书写了两岸文化交流史上“前所未有”的一页。与在大陆的2700多名台湾，汇成7000多人的大型台湾湄洲妈祖进香活动，中央电视台和台湾东森电视台等多家电视媒体首次联袂实况转播台湾在湄洲岛祭祀妈祖和民俗文化表演的空前盛况。
2007年5月15日，500多名妈祖乡亲首次以直航方式前来谒祖进香，开辟了马祖至湄洲朝圣旅游新的通道。
2007年7月23日，台湾澎湖天后宫组织404名妈祖信众，经泉金客运航线抵达泉州石井客运码头，到泉州天后宫谒祖进香，以此庆祝泉州，澎湖妈祖直航会香5周年。2007年12月28日下午，泉州赴澎湖民俗文化交流考察团71人，乘坐“泉州轮”启航前往台湾澎湖。该团的第8号成员林林有幸成为今年福建居民赴澎湖旅游的第1000名旅客，实践了澎湖当地希望今年赴澎湖旅游的福建居民突破千人的目标。相隔5年，泉州天后宫妈祖神像随团再次巡旅台湾澎湖，前后为期4天。当天下午，在马公天后宫的安排下，泉州天后宫妈祖神像在澎湖县马公市区展开绕境祈福法会活动。泉州天后宫妈祖神像所经之处，商家与住户都竞相燃放鞭炮欢迎，最后巡游队伍抵达澎湖天后宫，接受当地信众参拜。
30日下午，妈祖神像移驻金门县天后宫妈祖会，受到金门民众的热烈欢迎。一次次巡安，引起一次次轰动，也掀起了一阵阵妈祖朝拜的热潮。 （未完待续）（郑光弦）