从元朝末年开始，日本国的一些武士、浪人和走私商人，便开始在我东南沿海进行武装掠夺和骚扰，先后为害达200余年，史称“倭寇之患”。明洪武二年（1369）倭寇开始骚扰莆田沿海。
明朝中期，由于政治腐败，东南沿海几乎是有海无防，加上沿海一些豪族、官家、奸商等与倭寇相互勾结，才使倭寇更加猖獗。他们杀人越货、奸淫掳掠、无恶不作，让东南沿海民众深受其害。仅嘉靖二十二年（1543）至四十二年（1563）的二十年间倭寇就有17次进犯莆田，还有几次深入到莆仙内地。
莆田自古就有重文兴商的传统，高官显爵和缙绅之家驰名全国，殷实富足便成了倭寇垂涎和劫掠的对象，所以倭寇除洗劫财物，掳掠少壮；挖掘坟墓之外还惨绝人寰地用沸水浇烫婴儿，“视其啼号、拍手笑乐”、把孕妇剖腹“赌猜男女”，在莆田干尽了伤天害理的事。
林兆恩目睹此惨状，时年39岁的他，变卖家产，暂忍丧母之痛，挺身而出，投入到协助官方抵御倭寇、赈民救灾之中。次年，莆田疫病流行，不少人刚避倭灾又染疫疾而亡。林兆恩变卖田产数十亩，对那些贫穷者，购买棺材为其敛尸。
明嘉靖三十七年四月初十，数千名倭寇围攻福清，其中有千余人乘胜南下，在三江口登陆驻扎在新桥头。把涵江、镇前、洋尾等沿途村庄焚掠一空。十四日，倭寇进逼莆田城，情形十分危急，当时，城内已无兵可用。恰好，有一队千余人的广东兵经过莆田，临时驻扎在城里，在这城池岌岌可危、数以万计的百姓的生命财产面临严重威胁的紧要关头，广东兵却视而不见。
林兆恩召集莆田乡绅商议，提出合资聘请广东兵守城拒倭的想法，此议得到众人的响应，于是，他便与广东兵订立契约，约定退倭后给予二千金的奖赏，或许是这些广东兵见钱眼开，这才拔营出战，渡河斩杀倭寇。此役以倭寇撤退而告终。
事后，广东兵索要奖赏，乡绅们则因广东兵在击退倭寇后到处掠夺百姓的财物而拒付赏金。此前，林兆恩先付了他们百金，但这些广东兵为索要余下的一千九百两，把林兆恩强行捉去，当着人质。并在演武场对其进行鞭打棒击，强迫他到几个失约的乡绅家中去讨要赏金。
但林兆恩神色不变，从容地对广东兵说：“昔与汝等许盟二千金、以图安此城也，今倭寇既退、汝等复肆遍掠乱之，与倭夷又有何异，吾宁死也不从汝等之愿！”
乡绅们听闻林兆恩在广东兵那里宁死不屈，大义凛然，都非常的感动，为了解救林兆恩，便向府衙先借官银一千九百两，广东兵这才释放了林兆恩。
林兆恩释放回家后，全身肿痛，卧床不起，但他却咏歌如常，督学胡庭兰躬访林兆恩时，听到他的歌声，如出金石，感慨道：“此真道人也！非勘破生死，岂能如此耶”。 （蔡文俊 整理）