建文三年（1401）十二月，燕王大举发兵，自北平南下。建文四年（1402）正月，由馆陶渡河，长驱急进。五月，燕兵至泗洲，守将周景降，遂渡淮水，乘胜攻下了扬州。六月，江防都督陈瑄以舟师叛降燕王。燕兵临江，京师大为震动，这时长江南北，人心业以解体，纷纷通款于燕王，燕王乃誓师渡江。彦回还郡，率所募兵往，而事已定。其撰《闻报感赋》诗云：“梦入鹓斑觐紫宸，觉来依旧泣孤臣。半生家国惟余我，万里江山已属人。何地不容王蠋死，有薇难济伯夷贫。千秋公论明如日，照徹区区不二心。”此诗表达了彦回“辞家战士无旋踵，报国将军有断头”之志，可谓“葵藿有心终向日，杏桃无力漫随风。”如其撰《再赋》诗云：“仓卒勤王五郡兵，南风无力北风鸣。清忠自许江湖月，秽史何曾说杲卿。”林雨可云：“公（彦回）闻报感赋诗三首，其一首通纪作颜伯玮，疑者缺焉！”
燕王攻陷了京师，诸王与文武百官纷纷迎拜，突然宫中火起，建文帝失踪，或传被焚死，或传从地道遁去，不知所终，后来一直成为《明史》上的一桩疑案。燕王下令逮捕齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名为奸臣。七月，年仅四十三岁的燕王朱棣受到诸王群臣的推戴即天子位，是为“明成祖”，以明年为永乐元年（1403）。新安武卒兴缚彦回致于成祖，彦回谔谔不服，成祖诛焉，时年四十七岁。且籍其家，奴彦回妻浣衣局，子女遣异地充军。靖难之变确是明初帝室中争夺政权的一幕骨肉之祸，这类祸事在中国历史上屡见不鲜、然靖难之变后的杀戳之惨烈，则为前所未有。莆人被害者则有彦回及其从侄户科给事中继之（以子行，号雪庵）等人。《兰陔诗话》云：“长陵杀戳，革除诸臣，备极惨毒，景清之剥皮，铁铉之煎尸，司中之铁帚刷肤，其他割舌、截鼻，断手足者，更难仆数，传闻雪庵（继之）之死，碎骨扬灰，呜呼酷矣！”
明正德年间（1506-1521），巡抚胡文静、侍御史王应鹏、太守冯驯为“靖难之变”中被害的忠臣陈彦回、陈继之立祠奉祀，并榜其匾曰“二烈祠”。嘉靖四十一年（1562），兴化城陷于倭乱，二烈祠被焚。隆庆二年（1568），按院王粲云应继之嗣孙陈仕周请求，重修“二烈祠”，恢复祠祭。万历四年（1576），按院侯尧封、通判许培之移建“二烈祠”于仓后巷，改称“忠烈祠”，并拨给寺田六十石，令莆田县有司春秋二祭。万历四十一年（1613），提学冯烶行府给葬，在南门外锦亭筑知府陈彦回、户科给事中陈继之衣冠藏（冢）。
《兰陔诗话》云：“公（彦回）少遭家难，变姓名曰黄礼。守徽州日，始首于朝，得旨宥之。靖难师起，募兵入援，被执不屈，弃市。当时文字之禁，严于元丰，以藏方正学（孝孺）文字死者数人。公遗集无传，仅存诗数首，凤凰片羽，自足宝贵，固不在多也！” （续完） (黄祖绪)