嘉靖十六年（1537）丁酉，懋官应乡试中举人。嘉靖十七年（1538），莆阳举子周宁、张秉壶、彭希贤、陈叙、周鲲、方国佐、林万潮、俞维屏、林懋植、黄洪毗（昆）、陈应魁、林应箕、黄懋官、杨皆赴京应省试。戊戌正月，礼部请正文体，禁引用《庄》、《列》不经语，诏可。其会试试题为：“《论语》：lsquo;质胜文则野、文胜质则史。文质彬彬、然后君子。rsquo;《孟子》：lsquo;孟子道性善、言必称尧舜。rsquo;《礼记》：lsquo;博厚所以载物也、高明所以覆物也、悠久所以成物也。博厚配地、高明配天、悠久无疆。如此者、不见而章、不动而变、无为而成。rsquo;”三月十五日，临策会试举人（贡士），得袁炜等三百二十人。阁拟陆师道一甲第一人，上手判二甲第五，取袁炜第一。文华殿宣读已出，上复改茅瓒第一，而罗程次之，袁炜又次之。懋官为二甲四十五名，从侄洪毗（昆）为三甲九十四名，官江西按察副使。
懋官初授礼部主事，改吏部，历吏部文选清吏司郎中，莆郡官文选郎中者自懋官始。明代文选清吏司为吏部第一司，在唐、宋为吏部头司即本司，明代改称文选，以与兵部之武选相对，职掌为官吏班秩、迁陞，改调之事。（见清黄本骥《历代职官》）懋官累迁太仆寺卿，顺天（北京）府尹。懋官尝还乡省亲，顺便到仙游探访故人。如其撰《入仙邑不值王尹作》诗云：“名乡山水自仙洲，昔日仙灵此地游。犬吠白云茅舍寂，鸟啼青霭竹林幽。清风喜有王乔尹，玄览惭悲叔□俦。兹夕无缘陪笑语，令人惆怅河阳楼。”再如其撰《雨泛九曲忽霁欣然成咏》诗云：“雨过峰峦翠欲流，风吹落叶碧潭秋。棹回溪曲通孤煇，树拥山堂出小洲。白鹤青牛人已远，金龙玉简跡还留。不明自有寻真路，大海何湏海上求。”（按：此诗与《莆阳全书》稍异）《兰陔诗话》云：“霖原历官以明敏称。林念堂为作传云：lsquo;清流见之如春日，浊流见之如秋霜。rsquo;识者拟诸赵广汉念堂贤者，其言足以传信矣！文集因兵变不传，仅从《壶华毓秀集》录得二律。”
嘉靖三十六年（1557）冬，懋官晋南京户部侍郎，总督南都粮储。先是经户部题请，贷去百余万，弄得南中积贮久虚。懋官接籍稽数，裁可半岁给而已。乃具疏请每岁运舟之北者，量留若干实南庾（露天的谷堆），大司农复以边饷为重，报罢。其时，南昌人张鏊（字济甫），由广东左布政使陞南京兵部尚书，复以海警防备倭患，议选各营精锐训练之，不足则益以四方矫健，名振武营，是所团集，皆恶少无赖子。营军月米，故事：有妻者一石，无妻者减十之四，春秋二仲月，每石予折色银五钱。
嘉靖三十八年（1559），扬州通州人马坤（字顺卿），由顺天府尹除南京户部尚书，奏减四钱，诸军已怨矣。懋官为人，既精核治辨，又按籍稽数，堇堇半岁给，于是斤斤为樽绳，凡放粮予士，必诘其逃亡多寡，使毋得冒。又奏停补役军丁妻粮，诸军益忿。其时，户部尚书马坤方考最去，奉诏入为北京户部尚书，而以蔡克廉代为南京户部尚书。蔡至，复以病在告，以故懋官得久绾（总管）部章，于是诸以故事不领常经者，悉从停格。
嘉靖三十九年（1560），是岁大祲（指不详之妖气，引申为灾祸。）米石银八钱，军中争求复折色旧额。懋官谓事宜奏请朝廷，不许，诸军日嗷嗷。张本兵、门本兵谩语曰：“若第自言，不者，黄侍郎且云我左右辈。”诚意伯刘世延与懋官有宿憾（怨恨），凡给军粮，以往均在每月初旬发放，而此次隔月再旬，竟未发放军粮，诸军遂鼓譟，集众围懋官私第。懋官闻变，束发踰墙逃去，恰遇墙东有老退卒，急前抱住，匿懋官于室中，枕以股，比舍儿闻之，亦潜来拥护。顷之，诚意伯刘世延赶至，懋官问为谁？枕者曰：“张、刘二公。”懋官推枕挺身而出，让二人甚厉，世延见乱卒纷至，辄引车疾驰，且于车中微语曰：“若等好为之。”乱卒不知真相，懋官遂不免被杀。
时言官不考情实，惟听军士流言为疏章，世宗谬意其朘士（认为懋官尅扣军粮），犹以全尸而死为失刑，仅坐首恶三人而已。时人认为懋官综核清介，而不免于晁错、李深之祸，而懋官受此奇祸，无不为之叹惜。明嘉靖一朝，因君主世宗迷信，权奸用事，地方上的变乱迭起。先是嘉靖元年（1522）的甘州兵变，杀死巡抚许铭。同年，又有山东青州矿工之乱。嘉靖三年（1524），发生大同兵变。嘉靖五年（1526），发生广西田州土司的叛乱。嘉靖十二年（1533），发生辽宁广宁的兵变。嘉靖二十五年（1546），发生四川的边番之乱。嘉靖三十二年（1553），发生河南师尚诏的叛乱。嘉靖三十九年（1560），发生南京振武营的兵变。嘉靖四十三年（1564），发生南诏的变乱等等。变乱之外，加上频年发生饥馑，弄得民不聊生，所以世宗一朝，可谓是昏昏沉沉与方士权臣相终始。
林懋扬云：“诰尝居公（懋官）督粮署，见日以簿书，为事察察毫未。因言大臣持重，不应如此！公曰：lsquo;非乐为此也，今仓庾且乏，脱巾之变，谁其当之？rsquo;而公卒以此遇害，若有以逆知之者。诗亦有意致，惜不得其全稿耳！”值得向读者交代的是，兵部尚书张鏊，以南京振武营兵变被劾罢官。户部尚书马坤，亦以南京振武营兵变被劾，削职为民，卒于家。
先是懋官生前挚友杨继盛（字仲芳），以兵部员外郎升任兵部武选司，于嘉靖三十二年（1553）到任才一个月，出于为国除奸的一片忠心，愤然参劾严嵩（字惟中）十大罪与五大奸。可惜昏君世宗一意宠信严嵩，接疏后大怒，令锦衣卫将杨继盛逮捕，廷杖一百下狱，后被严嵩杀害。杨继盛临刑前，年仅四十，其赋诗云：“浩气还太虚，丹心照千古。平生未报恩，留作忠魂补。”天下传诵，闻者涕泣。继盛遂为有明一代的忠臣义士。同样，在嘉靖一朝，仁者往往受到小人的攻讦；智者往往受到庸人的嫉妒；勇者往往受到敌人的仇恨；廉者往往受到贪人的不满。而懋官那仁智勇廉的品格，尽管不为当世所容，却为后世之楷模。懋官虽以“尅扣军粮”罪，惨遭振武营兵变冤杀，可真相终于为言官疏论，陈情才正式大白于天下，朝廷下诏平反，赠奉直大夫。 （续完）*(黄祖绪)